博士论文拒绝上知网查重的原因可能包括：1.抄袭严重，文字高度重复；2.参考文献未标注或格式不规范；3.专业术语使用错误或不当；4.论文结构混乱，逻辑不清晰等。为避免被拒绝，作者应当严格遵守学术规范，保证论文原创性，正确引用参考文献，注意论文结构和逻辑。

另外，博士论文拒绝上知网查重还可能因为格式问题，如文献引用格式不正确、排版混乱等。此外，查重系统可能对图片、公式等特殊内容识别不准确，也可能导致查重结果不理想。为确保通过查重，作者应当注意论文格式规范，特殊内容处理得当，确保查重结果符合要求。