学术期刊论文在提交到万方查重系统前，首先要确保论文内容的原创性和学术价值。其次，需要按照万方查重系统的要求进行格式化处理，包括文献引用格式、排版规范等。接着，登录万方查重系统，上传论文并进行查重操作。最后，根据查重结果进行论文修改，确保通过万方查重系统的审核。

学术期刊论文在进行万方查重时，需要注意以下几个具体步骤：首先，登录万方查重系统账号，选择上传论文文件；其次，系统会进行查重分析，展示查重比例和重复部分；接着，查看详细的查重报告，了解具体的重复内容和引用部分；最后，根据查重结果进行论文修改，确保通过学术期刊的审核要求。